Lutte contre le djihadisme dans le Sahel et en Afrique de l’Ouest, conflits communautaires, baisse de la production pétrolière, changement de régime, ont achevé de faire du Gabon une des pièces maitresses de la présence militaire française sur le continent. Déjà conformément aux nouveaux traités de défenses signé entre les deux pays en 2010, les effectifs des militaires français au Gabon sont passées de 900 à 350, avec un déplacement, de Libreville à Abidjan, de la base opérationnelle avancée en charge des opérations en Afrique de l’Ouest.
L’annonce de Macron de « repenser d’ici l’automne l’ensemble [des dispositifs militaires de la France] sur le continent africain » pour des « dispositifs moins posés et moins exposés » et pour une « nécessité stratégique », répondant à une volonté de « réussir à bâtir dans la durée une intimité plus forte avec les armées africaines, reconstruire une capacité à former, ici et là-bas » pourrait encore réduire l’influence de Libreville rapportent la presse française.
Une situation que semble nuancer un spécialiste des relations franco-gabonaise approché : « un nouveau redéploiement du dispositif militaire français en Afrique, peut permettre au Gabon de jouer un rôle majeur non plus pour des opérations d’intervention mais plutôt dans le cadre des opérations de coopération, à travers la formation des forces armées de la sous-région, via le Centre d’aguerrissement outre-mer, un camp d’entraînement au combat en forêt gabonaise, situé non loin de Libreville. »
En 2014, selon le Palais du Luxembourg, un rapport de la Commission de la Défense nationale et des Forces armées sur l’évolution du dispositif militaire français en Afrique et sur le suivi des opérations en cours, avait noté une présence militaire française appréciée de Libreville, attachée à la coopération bilatérale : « les responsables politiques et militaires gabonais rencontrés par les rapporteurs que l’ambassadeur de France et le commandement des FFG ont insisté sur la grande qualité de la relation de coopération franco-gabonaise en matière de sécurité et de défense ».